Cowen war der Anführer der Genii und hat ein Atom-Projekt gestartet. Schon seitdem er die Menschen aus Atlantis getroffen hat, ist er hinter den Puddle Jumpern und dem C-4 her.
Er hat ebenso die Besetzung von Atlantis in 1x10 Der Sturm angeordnet und man sagt ihm nach, dass er Kolya aus dem Weg hat räumen lassen.
Cowen stirbt in 2x17 Coup D'Etat, als Ladon seinen Coup ausführt und ihn und seine Männer mit einer Atombombe in die Luft jagt.