Die verlorene Stadt ist ein Mehrteiler der folgende Episoden umfaßt:
- Jack O'Neill wird zum zweiten Mal das Wissen der Antiker aus einem Repositorium in sein Gehirn geladen, und während seine Kollegen versuchen, ihm zu helfen und gleichzeitig das Wissen zu nutzen, wird General Hammond abgelöst und durch Elizabeth Weir ersetzt. Außerdem versucht Anubis wieder mal, die Erde zu zerstören.
- O'Neill leitet seine Kollegen zu Praclarush Taonas, wo sie hoffen, eine Waffe der Antiker zu finden, mit der sie die Erde verteidigen können. Allerdings nimmt Jack von dort nur einen großen Kristall mit, und es stellt sich heraus, dass die Verteidigungsanlage sich bereits auf der Erde befindet. Dort werden klassische Verteidigungsmaßnahmen vorbereitet, die aber gegen Anubis nicht ausreichen werden. SG-1 kehrt gerade noch pünktlich zurück, um die Antikerwaffe einzusetzen. Die Erde wird gerettet, aber O'Neill, dessen Gehirn mit dem Wissen überlastet ist, wird in eine Stase-Kammer eingefroren.