Sam und Jacob befinden sich in einem Labor auf der neuen Alpha-Seite - die alte Alpha-Seite wurde aufgegeben, nachdem Anubis Jonas' Gedanken gelesen hat. Jacob ist zappelig - er hat das Kaffeetrinken aufgegeben, weil Selmak das Koffein nicht verträgt. Beide arbeiten an einer Superstrahlenwaffe, mit der sie Super-Jaffa und Dronen töten wollen. Sam arbeitet an einer Energiequelle, die die Intensität der Strahlenwaffe erhöhen soll. Dann geht der Alarm los - ein Goa'uldschiff wurde in der Umlaufbahn des Planeten aufgespürt. Die Evakuierung zur Beta-Seite wird eingeleitet.
In der Basis hängt das Personal besorgt über den Computern. Eine Menge Leute haben es zur Beta-Seite geschafft, aber es fehlen noch Leute, darunter Sam. Sie haben das Stargate auf der Alphaseite aktiviert und eine MALP-Sonde durchgeschickt, aber sie sehen nur Steine. Daniel erkennt, dass das Stargate umgefallen sein muss, als sich die Basis selbst zerstörte. SG-1 entschließt sich, hinzugehen und nach Überlebenden zu suchen. Sie nehmen eine Ersatzenergiequelle mit für den Fall, dass das DHD zerstört ist. Die Suche beginnt. Teal'c findet Teile vom Panzer einer Drone, also ist noch ein weiteres Teil davon unterwegs. Die Späher finden ein paar Überlebende, Menschen und Jaffa, in den Wäldern, aber keiner von denen hat Sam gesehen. Jack berichtet General Hammond und dieser ist besorgt um Sam und um die Verwundeten. Anschließend findet man Jacob unter einem umgestürzten Baumstamm. Teal'c befreit ihn, während Daniel sich um die Verletzungen kümmert. Jacob gibt Jack die Strahlenwaffe und erklärt ihm, er habe nur noch ein paar Schüsse. Sam hat die nötige Energiequelle zum Nachfüllen. Er weiß auch nicht, wo Sam ist, ja, noch nicht mal, ob sie noch lebt.
Siler wird gerufen, um das unbemannte kleine Spionagefluggerät einzusetzen. In der Basis befragt Hammond einen der Soldaten, wer denn wohl das Geheimnis der neuen Alpha-Seite verraten haben könnte. Das Pentagon hat eine Untersuchung gefordert. Der befragte Major sagt, er wüsste noch nicht mal genau, was passiert sei. Die Evakuierung wurde angeordnet, aber niemand konnte weg, weil das Stargate von einer Bombe getroffen wurde. Sie verteidigten sich gegen die Dronen, aber die rückten weiter vor. Colonel Reilly, der Kommandant der Basis, befahl die Selbstzerstörung. Er blieb bei der Bombe, damit sie nicht unschädlich gemacht werden konnte und befahl den anderen, sich in den Bergen zu verstecken. Der Major weiß nichts von verräterischen Gate-Aktivitäten oder von komischem Verhalten unter Tokra oder Jaffa, die ohnehin nicht gut zusammen auskamen.
Auf dem Planeten finden Jack und Teal'c Fußabdrücke. Es sind die von Sam und von einem Super-Jaffa. Unterdessen besucht Daniel Jacob in der Krankenstation und fragt ihn nach Sam. Jacob erinnert sich, dass alle Daten vor der Flucht in einen Kristall geladen wurden. Dann kam eine Drone rein und Jacob hat auf sie mit der Strahlenwaffe geschossen. Sie konnten das Stargate nicht benutzen und rannten zu den Bergen. Die Drone folgte ihnen. Wenn Sam noch lebt, ist die Drone ihr sicher auf der Spur. Jacob versteht nicht, warum die Drone direkt zu ihnen ins Labor kam.
Siler hat das UAV fertig programmiert, als Hammond zum Anführer der Jaffa gerufen wird. Dieser vermutet, dass ein Tokra die Alpha-Seite verraten hat. Es gab ein Gerücht, dass ein Spion der Tokra im Dienst des Goa'uld Okolun steht, der Anubis angreift. Hammond fragt nach ein paar der Jaffa, die Tage vorher die Basis verließen. Ihr Anführer gibt zu, dass sie gingen, um Okuluns Jaffa zu treffen, aber er beteuert, dass er Anubis nichts gesagt hat.
Jack und Teal'c, begleitet vom UAV, folgen Sam in die Berge. Dort versteckt sie sich vor dem Super-Jaffa; sie ist am Bein verletzt.
Jacob geht zu Hammond, um zu erfahren, wie es um Sam steht. Hammond befragt ihn nach dem Spion. Jacob sagt, er wisse davon nichts. Sie werden von dem Jaffa-Anführer unterbrochen, der mit Neuigkeiten kommt. Anubis hat die Schlacht gewonnen und Okuluns Jaffa arbeiten nun für ihn.
Auf dem Planeten bewegt sich Sam, so schnell sie kann. Sie versucht, ihr Bein zu verbinden. Die Drone verfolgt eine Blutspur, findet aber nur einen toten Tokra.
Hammond interviewt Malik, den Anführer der Tokra. Er schiebt alle Schuld auf die Jaffa. Malik verneint, dass es einen Spion in Okuluns Armee gibt. Es gibt eine heftige Diskussion - parallel dazu wird Sam auf dem Planeten von der Drone aufgespürt und beschossen. Jacob will mit Malik sprechen, aber dieser nur mit Selmak. Es geht noch mal um den Spion. Jacob sagt Hammond, ihr Spion würde an Anubis keine Informationen weitergeben, selbst wenn er gefangen würde.
Sam sieht das UAV und versucht, sich bemerkbar zu machen, aber auch die Drone sieht das UAV und schießt es ab. Jack erfährt vom Verlust des UAV und setzt sich in dieser Richtung in Bewegung. Jacob versucht unterdessen die Allianz zwischen den Tokra und den Rebellen-Jaffa zu erhalten. Er spricht noch mal mit dem Anführer der Jaffa. Dann gibt es noch eine große Besprechung mit Hammond, Jackson, dem Tokra Malik und dem Anführer der Rebellen-Jaffa.
Sam findet eine kleine Fernlenkrakete und richtet sie auf die Drone. Als die Drone näher kommt, wird sie mit der Rakete fertig gemacht. Aber ist sie wirklich hinüber? Die Drone bewegt sich und kommt langsam hoch, aber da kommt Jack hinzu und schießt mit der Strahlenwaffe. Dieses Mal ist die Drone endgültig hin. Sam bricht hinter ein paar Steinen zusammen und Jack hockt sich zu ihr, um sie zu stützen und um ihr zu helfen.
In der Basis haben sich die Tokra entschieden, die Allianz aufzugeben, um dadurch ihre Geheimnisse nicht Preis geben zu müssen. Die Jaffa wollen ebenfalls die Allianz nicht mehr. Jacob besucht Sam auf der Krankenstation. Er sagt ihr, wie besorgt er um sie war. Außerdem teilt er ihr mit, dass er selbst nun eine Weile weggehen wird. Er will bei den Tokra bleiben und herausfinden, wie man weiter zusammenarbeiten kann. Sam sieht ihm traurig hinterher, als er geht.