Das Stargate Kommando oder Area 52 hat die Leitung über alle Missionen, die durch das Stargate zu entfernten Planeten unternommen werden. Ihm unterstehen alle SG-Teams. Verbunden damit sind auch die Verhandlungen mit den Vertretern anderer Völker, wenn sich diese auf der Erde befinden.
Die Aufgabe des Stargate Kommandos und seiner (ursprünglich neun) Teams lautet, Aufklärungsarbeit zu leisten und wenn möglich friedlichen Kontakt zu anderen Völkern herzustellen (engl.: perform reconnaissance, determine threats, and if possible make peaceful contact - SG1_01x01SG11x01 Das Tor zum Universum).
Das Stargate Projekt wird geheim gehalten vor der Öffentlichkeit und läuft im Pentagon inoffiziell unter dem Stichwort "Area 52." Es kostet (zu Beginn) 7,4 Mrd. $ jährlich (SG1: Die Invasion, Teil 2).
Das Stargate Kommando hat seinen Sitz im Stargate Center, das im Cheyenne Mountain Complex, einer ehemaligen Raketentestbasis (SG1 1x4 Die Seuche, SG1_02x21SG12x21 1969) im US-Bundesstaat Colorado, in der Nähe von Colorado Springs untergebracht ist. Es ist eine Abteilung der U.S. Airforce und damit dem Pentagon unterstellt. Auf Grund seiner Bedeutung für die Erde hat der jeweilige Leiter des Stargate Kommando allerdings einen direkten Draht (rotes Telefon) zum Präsidenten der Vereinigten Staaten.
In Notfallsituationen lässt sich der Kommandobunker als Befehlszentrale verwenden.
Ebene 17-18: kulturelle Studien
Der nichtmilitärische Führungsstab befindet sich auf Ebene 18. Hier werden die Forschungsarbeiten zu ausserirdischen Völkern und kulturellen Artefakten durchgeführt. Auch das Labor von Dr. Jackson und die archäologische Bibliothek befinden sich hier. Ebene 17 ist leer und steht für zukünftige Erweiterungen zur Verfügung.
Ebene 19-20: wissenschaftliche Labore
Auf Ebene 19 wird ausserirdische Technlogie analysiert. Die zivilen und militärischen Wissenschaftler arbeiten meist an kleinen Projekten. Größere Projekte gehen an die Area 51-Basis. Die Labore von Colonel Carter, Dr. Lee und Dr. Felger liegen ebenfalls hier. Ebene 20 weist zusätzliche Labore sowie Produktions- und Reparatureinrichtungen auf.
Ebene 21: Krankenstation
Alle medizinischen Probleme werden hier behandelt. Hier befindet sich die Haupt-Krankenstation mit acht Betten. Zusätzlich befinden sich hier Operationssäle, Isolationskammern, Quarantänelabors und einen Genesungsraum.
Ebene 22: Kantine
Die Küchen, Cafeterien und eine kleinere Kantine befinden sich hier. Außerdem gibt es noch ein paar Isolationskammern.
Ebene 23: Notstromabteilung
Auf dieser Ebene sind Notfallbatterien und -generatoren untergebracht.
Ebene 24: MALP-Raum, Computerkern
Hier werden die MALPs ausgerüstet und repariert. Der Computer ist gut bewacht.
Ebene 25-26: VIP-Quartiere
Die SG-Teams und der Führungsstab haben hier ihre privaten Quartiere.
Dieser Bereich erstreckt sich über Ebene 27 und 28. und beherbergt das Stargate. Ein Schacht reicht bis an die Oberfläche und macht es möglich, das Gate zu entfernen. Alle Operationen laufen über den Kontrollraum, der das Stargate überblickt. Die Waffenkammer befindet sich ebenfalls auf dieser Ebene.