Die folgende Aufstellung enthält die für die weitere Entwicklung im Stargate-Universum wichtigsten Episoden von Stargate Atlantis. Diese Episoden führen zum Beispiel neue Freunde oder Gegner ein oder beschreiben wichtige Schritte in der Entwicklung des Atlantis-Expeditionsteams und seiner Mitglieder.
Die Kennzeichnung einer Episode als 
Wichtige Episode erfolgt nach genauer Prüfung. Da es sich aber um keine Vorgaben der Produzenten handelt, ist diese Wertung natürlich subjektiv. Daher kann es durchaus sein, dass man hier nicht alle Episoden findet, die man selbst als wichtig betrachtet.
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